Η ιστορία αυτού του manga ακολουθεί τον κύριο χαρακτήρα Emerald, έναν νεαρό προπονητή Pokemon που ξεκινά ένα ταξίδι για να γίνει πρωταθλητής. Καθώς προχωρά, ανακαλύπτει μια συνωμοσία που απειλεί την περιοχή Hoenn και αναλαμβάνει την αποστολή να την ανακαλύψει και να τη σταματήσει. Με τη βοήθεια των Pokemon του, αναμένεται να αντιμετωπίσει διάφορες προκλήσεις και να αναδείξει τις δεξιότητές του στον κόσμο των Pokemon.