Σε αυτό το manga, οι πρωταγωνιστές Ruby και Sapphire είναι δύο νεαροί προπονητές που έχουν διαφορετικούς στόχους και ιδέες για το πώς θα γίνουν οι καλύτεροι στον κόσμο των Pokemon. Καθώς ακολουθούν τους δρόμους τους, βρίσκονται μπλεγμένοι σε μια συνωμοσία που απειλεί την περιοχή Hoenn και τους οδηγεί σε μια περιπέτεια γεμάτη μάχες, ανακαλύψεις και νέες φιλίες. Καθώς προχωρούν, καταλαβαίνουν τη σημασία της συνεργασίας και της εμπιστοσύνης και ανακαλύπτουν τον πραγματικό νόημα της προπόνησης Pokemon.