Τοποθετημένο στον κόσμο των Duel Monsters, όπου νέοι duelists καλλιεργούν τις δεξιότητές τους στην κορυφαία Ακαδημία.  

Η ιστορία ξεκινά με τον Jaden Yuki, έναν ζωηρό και ταλαντούχο duelist, να λαμβάνει πρόσκληση να παρακολουθήσει την κορυφαία Ακαδημία. Αποφασισμένος να αποδείξει τις δεξιότητές του και να κάνει νέους φίλους, ο Jaden αποδέχεται ενθουσιώδως την πρόσκληση και ξεκινά ένα ταξίδι γεμάτο με dueling, φιλία και ανακάλυψη.

Στην Ακαδημία, ο Jaden συναντά ένα ποικίλο καστ χαρακτήρων, συμπεριλαμβανομένων των πιστών φίλων του Syrus Truesdale και Alexis Rhodes, καθώς και ανταγωνιστών όπως ο Chazz Princeton και ο Zane Truesdale. Μαζί, ξεκινούν μια σειρά από περιπέτειες, συμμετέχοντας σε έντονα duels, αποκαλύπτοντας αρχαία μυστικά και αντιμετωπίζοντας σκοτεινές δυνάμεις που απειλούν τον κόσμο.