Σε έναν κόσμο όπου το αρχαίο παιχνίδι των Duel Monsters έχει κατακτήσει τον πλανήτη, το "Yu-Gi-Oh! Duelist" ακολουθεί το ταξίδι του Yugi Muto, ενός νεαρού και ταλαντούχου duelist, καθώς βελτιώνει τις δεξιότητές του και αντιμετωπίζει δυνατούς αντιπάλους στην προσπάθειά του να γίνει ο απόλυτος Βασιλιάς των Duelists.

Κεντρικό στοιχείο της πλοκής είναι η έννοια του τουρνουά Duelist Kingdom, ένας επικός διαγωνισμός που διοργανώνεται από τον γνωστό Μαξιμίλιον Πέγκασους, όπου duelist από όλο τον κόσμο συγκεντρώνονται για να δοκιμάσουν τις δυνάμεις τους και να διεκδικήσουν τον επιθυμητό τίτλο του Βασιλιά των Duelists. Παράλληλα με τον Yugi είναι οι πιστοί του φίλοι, συμπεριλαμβανομένου του θυμωμένου Joey Wheeler, του έξυπνου Tea Gardner και του μυστηριώδους Seto Kaiba, καθένας φέρνοντας τις μοναδικές του δυνατότητες και στρατηγικές στο τραπέζι.

Καθώς το τουρνουά εξελίσσεται, ο Yugi και οι σύντροφοί του αντιμετωπίζουν πολλές προκλήσεις, από την αντιμετώπιση ανταγωνιστών duelist με εκπληκτικές ικανότητες μέχρι την αντιμετώπιση αρχαίων δυνάμεων που απειλούν την ίδια την πραγματικότητα. Καθ' όλη τη διαδρομή τους, αποκαλύπτουν μυστικά από το παρελθόν, δημιουργούν ισχυρές συμμαχίες και αντιμετωπίζουν τους δικούς τους εσωτερικούς δαίμονες, ενώ παλεύουν για να βγουν νικητές στο απόλυτο τεστ δεξιοτήτων και θάρρους.