Το Super Mario Bros. Wonder διαθέτει τοπικό co-op, ένα χαρακτηριστικό γνώρισμα σχεδόν όλων των Mario platformers, και εισάγει τη Daisy ως playable χαρακτήρα. Ωστόσο, μερικές από τις εναλλακτικές μορφές του Mario - συγκεκριμένα ο Elephant Mario και ο Long Mario, όπως τον αποκαλούμε ανεπίσημα - φαίνεται να έχουν ήδη καθιερωθεί ως οι πραγματικοί πρωταγωνιστές της παράστασης.

Ο Mario και οι φίλοι του έχουν προσκληθεί να επισκεφτούν το πολύχρωμο Flower Kingdom, που βρίσκεται σε μικρή απόσταση από το Mushroom Kingdom. Δυστυχώς, ο King Bowser έχει μεταμορφωθεί σε ένα ιπτάμενο κάστρο και προκαλεί χάος στην ειρηνική γη τους. Τώρα οι ήρωές μας πρέπει να σώσουν την μέρα—και το Βασίλειο των Λουλουδιών—σε αυτή την υπέροχη νέα περιπέτεια!