Τοποθετημένo στην ατενή πόλη της Νέας Ντόμινο Σίτι, το "Yu-Gi-Oh! 5D's" ακολουθεί τις περιπέτειες του Yusei Fudo, ενός επιδέξιου duelist με ένα μυστηριώδες παρελθόν. Αποφασισμένος να αποκαλύψει την αλήθεια πίσω από το προβληματικό του παρελθόν και να αναζητήσει τη δικαιοσύνη, ο Yusei ξεκινά ένα συναρπαστικό ταξίδι γεμάτο με αγωνιώδεις μάχες, επικίνδυνους αντιπάλους και απροσδόκητες συμμαχίες.

Στην καρδιά της σειράς βρίσκεται το concept των Turbo Duels, μια συναρπαστική μορφή του παιχνιδιού όπου οι ανταγωνιστές αγωνίζονται σε υπερσύγχρονες Duel Runners, συνδυάζοντας ταχύτητα, στρατηγική και δεξιότητα σε εντυπωσιακές μάχες που ξεπερνούν τα όρια της ανατροπής. Παράλληλα με τον Yusei είναι οι πιστοί του φίλοι, συμπεριλαμβανομένου του εκρηκτικού Jack Atlas, της τεχνολογικά εξειδικευμένης Luna και της ευαίσθητης Akiza Izinski, καθένας φέρνοντας τα μοναδικά του ταλέντα και κινήτρα στο τραπέζι.

Καθώς ο Yusei και οι σύμμαχοί του πλοηγούνται στον επικίνδυνο κόσμο των Turbo Duels, συναντούν μια ποικιλία αντιπάλων, από ανταγωνιστές duelist που αναζητούν δόξα μέχρι σκοτεινούς οργανισμούς με σκοτεινές ατζέντες. Κατά τη διάρκεια του ταξιδιού τους, αποκαλύπτουν βαθιές συνωμοσίες, αντιμετωπίζουν ισχυρούς αντιπάλους και αντιμετωπίζουν τους δικούς τους εσωτερικούς δαίμονες, ενώ παλεύουν να προστατεύσουν αυτούς που αγαπούν και να υποστηρίξουν το πνεύμα της μάχης